Para asignar la calificación a las respuestas dadas por los estudiantes se utilizan guías de calificación que son diseñadas por grupos de expertos en evaluación. En estas guías se describen las características esenciales de lo que se considera una respuesta apropiada y completa, las características de respuestas medianamente apropiadas, es decir, respuestas en las que se evidencia de que el estudiante comprendió parcialmente la pregunta y, finalmente, características de una respuesta que evidencia total incomprensión de la pregunta. Al equipo calificador se le instruye para que se centre exclusivamente en verificar si en la respuesta se evidencia comprensión de lo que se preguntó y no en si el estudiante escribe bien.

Para el caso de preguntas que implican hacer interpretación desde la experiencia personal, muchas respuestas diferentes pueden recibir el máximo puntaje.

Por tratarse PIRLS de un estudio que mide el progreso en competencia lectora a través de evaluaciones hechas cada cinco años, el diseño de las pruebas PIRLS 2011 contempla el uso de algunas preguntas utilizadas en PIRLS 2001 y en PIRLS 2006. Así se logra producir una escala de calificación que resulte comparable entre distintas aplicaciones del estudio. Por esta razón, al finalizar cada ciclo del estudio se libera sólo una parte de los textos y preguntas aplicados y se mantiene bajo confidencialidad el resto. Esto demanda la implementación de medidas de control sobre la reserva de las pruebas antes, durante y después de su aplicación.